Thi hvor udførlig end den her meddelte oversigt har været, saa kunde der dog være leveret et ganske anderledes omfangsrigt arbeide, hvis alle hans brevskaber og bøger havde været bevarede til vore dage. Saafremt hans visitatsbøger havde været bevarede ligefra 1574 af, hvis man blot havde noget saadant som „den danske kopibog“, der omtales, saa vilde man allerede havt et ganske anderledes rigt stof for en skildring af hans liv og virksomhed end det, som nu foreligger.
Under sit utrættelige arbeide begyndte imidlertid Jens Nilssøn at drage lidt paa aarene. I 1598 var han bleven 60 aar gammel og kunde da ikke mere være ligesaa kraftig og rask, som da han for 24 aar siden havde taget fat paa sin første reise som visitator. Der høres dog ikke noget om, at han følte sig trykket af sin høie alder, og han træffes i 1598 som tidligere paa visitatsreiser (pag. XLVII seqv.). Fra 1599 kjendes der ikke noget til, at han har foretaget saadanne; men ligesaa lidt tales der om, at han har lidt af nogen helbredssvækkelse eller af sygdom. I rigsregistranterne for sidstnævnte aar forekommer ikke engang hans navn, hvilket muligens kan tyde paa, at han ikke selv har udfoldet nogen synderlig virksomhed. I begyndelsen af det følgende aar, 1600, afgik han ved døden, uden at dog hans dødsdag er bekjendt. Det angives i en enkelt kilde, at han er død i aaret 1600 paa en Onsdagsmorgen, hvilket rigtignok ikke giver megen veiledning (pag. LVII, note 1); han omtales som levende 21de Februar 1600 (pag. CLXXXVI), hvorimod han i et kongebrev af 7de Mai s. a. kaldes afgangne mag. Jens Nilssøn; ved dette disponeres der over hans præbende i Oslo domkapitel. Saaledes maa han være død imellem disse to dage; nærmere er det for tiden umuligt at komme hans dødsdag. Han maa være begraven i Halvardskirken, hvor der dog ikke ved de i nyere tid foretagne gravninger er fundet nogen gravsten over ham.
Uagtet Jens Nilssøn ikke havde savnet gode indtægter, lader det dog til, at hans familie ved hans bortgang ikke var i den gunstigste stilling i økonomisk henseende. Biskopen havde vistnok sørget godt for sin ældste søn, hvem han ved sin indflydelse havde skaffet det store Stange prestekald; men han havde inden sin død ikke havt nogen anledning til at faa de yngre sønner ligesaa godt anbragte, og hans enke, der var mange
