Det korn til opløp; San Marco’s kloster blev stormet av spektakelmakerne. Savonarola med et par discipler kastedes i fængsel; kjetterprocessen begyndte. Alexander VI skrev forhippen, vilde ha munken til Rom; det avslog imidlertid Signoria-raadet. Men det gik med paa at lede processen efter regler fra Rom. Tortur blev anvendt, som ellers ved retssaker da, og under smerten paastod ikke Savonarola nu længer at han var sendt av gud; mere fik de rigtignok ikke ut av ham. Men den begeistrede discipel holdt stand i enhver henseende og paa alle punkter; den anden derimot vidnet ganske efter rettens ønske og fornegtet sin mester. Alexander VI blev utaalmodig, maset og skrev, at man nu fik avrette dem, eller ogsaa sende dem til Rom; enden paa det blev at det nyvalgte Signoria-raad tillot at paven skikket to apostoliske legater til Firenze, som tok processen op igjen. Men i mellemtiden hadde Savonarola nu i fængslet gjenvundet sin gamle sjælsstyrke, saa den ny tortur ikke formaadde at fravriste ham andre, mere fældende bekjendelser. Nu blev han imidlertid uten videre dømt til døden og brændt i mai samme aar.
Det viser sig altsaa vistnok at florentinerne som helhet i grunden mere har maapet ved profetens prædikener end egentlig omvendt sig; man har jo et øieblik hat synet av et folk, som gottet sig ved at se ham som offer for sit eget aandsmørke. Og dog, selv om de nød det glimt av en forkynder, som ikke turde gaa paa glødende jern for sin overbevisning, forblev Savonarola et helt sekel igjennem folkets hemmelige begeistring, da han vel var borte, ja dets helgen, i
